Os agentes tentam localizar uma série de artefactos que foram roubados do armazém pelo abominável Roaring Dan Seavy e… guardados por um fantasma. Entretanto, Charlotte Supres faz a sua jogada com a ajuda de um infiltrado.
Pete, Myka e Charlotte têm de encontrar um homem que sabe onde podem encontrar o Paracelsus e trocar a Pedra Filosofal pela estela que pode libertar Claudia da sua prisão de bronze... antes que ela se desintegre.
Pete e Myka capturam o Paracelsus, mas não antes de ele se tornar imortal. Quando o cancro de Myka piora, Pete tenta fazer um acordo com o Paracelsus para curar a sua colega. Enquanto isso, Claudia recebe novidades de Artie.
Quando Paracelsus assume o controlo do Warehouse 13, mostra que este é apenas o primeiro passo do seu plano para recriar todo o mundo à sua imagem. Para detê-lo Pete e myka devem segui-lo até ao ano 1541 e impedi-lo de matar os Regents e de se tornar o mestre das Warehouses.
Enquanto Pete e Myka formam equipa com dois ex-colegas dos Serviços Secretos para investigar uma série de mortes bizarras em Washington DC, Artie decide mostrar a Claudia como e porque é que a sua irmã tinha que desaparecer.
Enquanto Pete e Steven assistem a um perigoso incidente na feira renascentista, Myka concorda em ajudar Claudia a reavivar a memória da sua memória. Contudo descobrem que o seu ato tem consequências inesperadas para o armazém e para todos os presentes.
