Nathan e Duke lidam com a perda de Audrey...e a usurpação do seu corpo por Mara, responsável em parte pela criação de todo o mal trazido pelos Troubles.
Nathan e Dwight tentam encontrar a origem de um novo Trouble questionando os residentes de Haven e tomando todas as medidas para detê-lo. Enquanto Mara recruta Vickie.
Em vez de entregar Mara a Dwight e colocar a sua vida em risco, Nathan leva-a e esconde-a. Enquanto isso uma amiga de Duke é apanhada por um dos Troubles e este percebe que Mara poderá ser a sua única hipótese de salvar a vida da sua amiga.
Enquanto Nathan e Duke tentam convencer Dwight que Audrey ainda está viva dentro do corpo de Mara, uma série de estranhos e letais fenómenos atinge a região. Vince e Dave tentam perceber o que realmente se passou dentro da cave.
Vince segue atrás de David na sua viagem de regresso à Carolina do Norte e investiga as circunstâncias da sua adopção. Contudo os dois irmãos descobrem que trocaram os seus corpos. Por sua vez Nathan inicia um novo plano para trazer de volta Audrey embora Mara insistir que a matou.
O corpo de Duke ameaça explodir para fora dos Troubles, e Nathan é incapaz de se concentrar o suficiente para o libertar. Para salvá-lo a ele e ao Duke, têm de reunir os irmãos e fazer com que desfaçam o seu corpo Trouble.
Nathan desaparece juntamente com vários habitantes de Haven, e Audrey e Duke não sabem que o seu amigo tornou-se num fantasma. Entretanto, a Guard ainda acredita que Audrey é Mara e faz planos para matá-la.
Preso de forma intangível, Nathan tenta encontrar uma maneira de restaurar o seu corpo com a ajuda de Duke e Audrey. No entanto, um dos outros "fantasmas" planeia mata-lo antes que regresse ao mundo real.
Como médico CDC chega a Haven para verificar a infecção de Dave, uma misteriosa doença varre Haven, tendo como alvo o grupo Troubled e ameaça revelar o segredo da cidade ao mundo.
Charlotte luta contra o tempo para encontrar uma cura para a doença que ativa as maldições dos Troubled. Enquanto isso, Nathan encontra a origem da doença mas é incapaz de parar o responsável. Duke liberta Mara para que juntos procurem as amostras de éter.
